Eugene được đặt tên của người sáng lập ra thành phố là Eugene Franklin Skinner. Năm 1846, Skinner dựng nhà chòi đầu tiên trong khu vực. Nó được dùng như một trạm mậu dịch và cũng được dùng làm trạm bưu điện năm 1850. Vào lúc đó, nó được biết với cái tên là Skinner's Mudhole.[4] Skinner thành lập Eugene năm 1862 và sau đó điều hành dịch vụ phà ngang qua sông Willamette nơi cầu Ferry Street (Đường bến phà) bây giờ đang đứng ở đó.

Cao đẳng Columbia được thành lập quanh vùng tương tự vùng của Đại học Oregon, một vài năm sớm hơn nhưnng bị hỏa họa hai lần lớn trong bốn năm và quyết định không tái xây dựng. Thậm chí ngày nay, người ta vẫn còn gọi một phần phía nam của Eugene là "Đồi Cao đẳng," vì nó là vị trí trước đây của Cao đẳng College (ngày nay không có trường cao đẳng nào ở đó).

Thị trấn đã gây quỹ để mở một Đại học Công lập mà sau này trở thành Đại học Oregon với hy vọng là biến thị trấn nhỏ này thành một trung tâm văn hóa học tập. Năm 1872, Lập pháp Oregon đã thông qua một dự luật phê chuẩn trường đại học này. Thị trấn Albany lân cận là một đối thủ cạnh tranh lớn nhất của Eugene trong việc giành quyền làm nhà cho viện đại học này. Năm 1873, thành viên cộng đồng J. H. D. Henderson đã hiến tặng khu đất trên đỉnh đồi để làm khuôn viên cho trường đại học hướng xuống thành phố. Trường đại học mở lần đầu tiên vào năm 1876. Tòa nhà đầu tiên của đại học chưa hoàn thành cho đến năm 1877. Đại học Oregon đã và đang dẫn đầu về đa dạng chủng tộc từ lúc mới bắt đầu; lớp khai giảng đầu tiên có hai học sinh Nhật Bản. Tuy nhiên, ngày nay có ít hơn 400 trong khoảng 16.000 sinh viên chưa tốt nghiệp là người Mỹ gốc châu Phi.

Eugene là nhà của công ty điện lực công lớn nhất Oregon.